Hammerfellの征服後、帝国軍はCyrodiilの北東の国境に集結し、侵略船団はSkyrimを待ち受けることとなった。

当初帝国軍と海軍は向かうところ敵なしと広く考えられていたが、House Indoril と教会の上部の者たちは命を賭してこれに抵抗するつもりであると回答した。 Redoran と Dres もIndoril側についたが、Telvanniは中立を保った。Hlaaluは調停を提案した。Black Marshを境とする不安定な境界線はわけのわからないまま崩れてしまった。だが湿地の多い地形は帝国陸海の連合軍に不利に働いた。帝国軍に対立する勢力はSilgrad Towerと Kragenmoorの西に集結し、帝国軍は Blacklightと Cormaris Viewの西に兵を集めた。MorrowindはRedoranの傭兵と各Houseから出された精鋭、そして教会を守護するOrdinatorと（Buoyant) Armigerたちの小規模な集団 を寄せ集めた、哀れなほどの少ない戦力しか持ち合わせていなかった。さらに困ったことには、Indoril、Dres、Hlaalu、そしてTelvanni家は西の境界線に塀を出し駐屯することを拒んだ。IndorilとDresは西の境界を死守するよりは、いったん内陸に退いてゲリラ戦を仕掛けるべきだと提案した。Hlaaluに至っては和解案を支持し続け、Telvanniは中立を保ち続けた。つまりRedoranは単独で帝国に対抗することを余儀なくされてしまったのだ。

Vivecその人がVivec市に姿を見せ、帝国皇帝Tiber Septimと条約についての交渉を行うことを発表すると、状況はにわかに大きく変わった。条約はMorrowindを帝国の一部として再編するというものだったが、"信仰と自治の権利"を保障すべしという内容が含まれていた。これに関する話をなんら受けていなかった教会上層部はかなりのショックを受け、（思いも寄らないVivecの）声明にぎこちない沈黙という反応を返した。Indorilはいまだ、Dres家の忠実な援助を受けた上で、死ぬまで抵抗し続けると豪語する一方、Redoran家は帝国軍との望まぬ衝突を避ける都合のよい口実ができたことをいいことに、声明に同意しこれを受け入れる目的でHlaaluと結託した。事の成り行きを見守っていたTelvanni家はHlaaluとRedoranに加わり、条約を支持した。

皇帝Septimと神王Vivecの間に交わされた個人的な会合について、どこで会合が持たれたのか、条約を締結するにあたって必須となる準備としてどのようなことが行われたのか、という詳細については何も知られていない。公には、会合に参加した両首脳の個人情報を保護するため（詳細を公開しない）といわれている。西ではZuril Arctusが（条約の）同意について沈思熟考していた。東ではVivecが NumidiumがAltmerとSummerset Isleの征服に力を貸せば、Morrowindでの自治権とHouseの伝統、宗教を保護するという大幅な譲歩をしてやろうと申し出たとのうわさがあった。

大評議会の最高評議長であった Indoril家の者は条約を締結することを拒否し、退任も同じように拒んだ。彼は暗殺され、（代表議長のいすには）Hlaaluのものが取って代わった。House HlaaluはHouse Indorilに対する積年の恨みを晴らすまたとない機会を得て、かなりの数の地方の評議会員が血なまぐさい手段でもって変えられた。Morrowindが独立国家から 帝国領土の一部となるその間には、帝国兵との衝突によるものよりも、House同士の内部抗争で流された血のほうがよほど多かったのだ。

帝国の将軍たちはMorrowindの侵略を非常に恐れた。Dunmerは宗教と氏族の伝統を固く信ずる、もっとも恐ろしく狂気に満ちた敵であると広く考えられていたからである。 将軍たちは皇帝Tiber Septimが知り、利用したMorrowindの（最大の弱点である）政治的なもろさについてはまったく把握していなかった。同時に、the Tribunalは信頼に値する行いをなしてくれた。Septimによって征服された他の地域が悲劇的なまでの人口激減と破滅を迎えていることを考えると、Morrowindの市民になるべくショックを与えずに、Morrowindという地域を帝国の法体制と経済にできるだけ早く同化させることは必須であった。（Tribunalは）Morrowindを守り抜くことは絶望的だと理解し、自分から先に和平を申し出ることによって、条約締結の席で（Dunmer側に）有利な譲歩案を得る努力をしてくれた。

それとは対照的に、Indorilの貴族のほとんどは帝国を受け入れることを拒み、自らの命を絶ってしまった。この結果として House Indorilの力は（Dunmer領から帝国領への）変遷期に大幅に衰えてしまった。House Hlaaluに対する力と影響力も失ってしまったのは明らかである。 House Hlaaluの力は、帝国を受け入れ支持したことによって大きく増した。教会上層部はたくみに失った対面を取り繕い、政治的な闘争には我関せずという態度を保ち続け、経済、教育、精神的な豊かさに専念し、人々の善意を取り込んでいった。